Наконец 18 марта 1862 года Бесплатная музыкальная школа отпраздновала свое рождение. Первыми преподавателями в ней стали ее организаторы и руководители (директора) — Балакирев и Ломакин. С самого начала явилось множество желающих с голосами и без голосов. Ломакин рассказывал, с каким удивлением граф Шереметев наблюдал нескончаемый поток людей, жаждущих записаться в школу. Тут были мелкие чиновники и студенты, ремесленники и врачи, учителя и лавочные сидельцы — в основном все демократическая публика. Общее собрание учащихся выбрало для руководства школой директоров и совет, который затем систематически отчитывался в своей организационной и хозяйственной деятельности перед собранием.

Программа обучения предусматривала занятия сольфеджио, элементарной теорией, постановкой голоса. Проектировался также класс скрипки. Самое же большое внимание отводилось спевкам и репетициям к концертам. Ломакин и Балакирев работали самозабвенно, не считаясь ни со временем, ни с затратой сил. Таким же энтузиазмом были охвачены и учащиеся. За короткий срок они подготовили программу и показали свои достижения взыскательным столичным слушателям.

В статье «Три русских концерта» Стасов, отмечая успех этих выступлений школы у публики и благородную, бескорыстную деятельность ее организаторов, горячо поддерживает новое дело. Он особенно подчеркивает, что «Бесплатная ломакинская школа есть первая до сих пор действительно русская музыкальная школа. Какие таланты может она вывести на свет!»

Балакирев и Стасов противопоставляли Бесплатную музыкальную школу консерватории, незадолго перед тем открытой в Петербурге. Они не скрывали своих опасении в том, что консерватория, созданная при Русском музыкальном обществе А. Рубинштейном: и его сподвижниками, будет серьезной угрозой развитию отечественной музыкальной культуры по самостоятельному руслу. И Балакирев, и Стасов, и Кюи хорошо помнили неоднократные выступления А. Рубинштейна в печати, в которых он, доказывая необходимость подготовки в стране профессиональных музыкантов, явно недооценивал национальную самобытность русской музыки. А то обстоятельство, что новая консерватория оказалась, как и Русское музыкальное общество, под официальным покровительством великой княгини Елены Павловны; что ее структура во многом напоминала структуру Леипцигской консерватории; то, что первыми педагогами в ней были в большинстве иностранцы, еще более усугубляло отрицательное отношение балакиревцев к ней. Они называли консерваторию «немецкой», ее сторонников — «немецкой партией» и открыто заявляли, что «немецкая» система обучения будет насаждать старые, уже отжившие европейские традиции, совершенно чуждые русской музыке, будет подавлять самобытные национальные дарования и не позволит вырастить и сформировать нужный стране новый тип национального художника-музыканта.

В пылу полемики балакиревцы пытались совсем отрицать необходимость систематического профессионального образования, в чем они глубоко ошибались. Противники, не замедлив воспользоваться этим, окрестили их «нигилистами» и стали везде представлять их как ниспровергателей всех авторитетов, традиций, общепризнанных ценностей. Пройдет не так уж много времени, и сама жизнь решит этот спор, подсказав возможность соединения систематического профессионального образования с национальным развитием музыкальной культуры: в 1871 году один из балакиревцев — Римский-Корсаков — войдет в число профессоров Петербургской консерватории и станет ее гордостью и украшением.

На Бесплатную школу в кружке возлагали большие надежды. По мысли Стасова и Балакирева, в ее задачу, помимо первоначального музыкального образования и просвещения народа, входило также всемерное содействие развитию отечественной музыкальной культуры. И свою дирижерскую деятельность в Бесплатной школе Балакирев решительно начинает с произведений русской музыки. В первых же симфонических концертах школы звучат увертюра к опере «Иван Сусанин», «Арагонская хота» Глинки, музыка Даргомыжского, увертюра к опере «Кавказский пленник» и сочинения Балакирева. Постепенно программы расширяются и усложняются.  

Балакирев стремится представить слушателю наиболее полно лучшие достижения русской и малоизвестной в России современной европейской музыки. В концертах школы появляются сочинения Шумана, Шуберта, Берлиоза, Листа и наиболее значительные произведения классики, например некоторые хоры Глюка, Генделя, Реквием Моцарта, Девятая симфония Бетховена. Исполнялись и оперные сцены, особенно те, что не полностью шли в театрах или не ставились там вовсе. Концерты Бесплатной школы становятся трибуной для широкой музыкальной пропаганды сочинений Новой русской школы.

Чтобы слушателям легче было разобраться в новом или малоизвестном сочинении, нередко Стасов, по просьбе Балакирева, писал небольшие пояснения к программам. Да и все балакиревцы помогали школе как могли: кто разучивал партии с певцами, а кто делал оркестровку, хлопотал о переводах текстов, доставал нужные ноты или инструменты, необходимые к концерту. Кружок жил делами школы и поддерживал ее во всем.

Настойчивое исполнение Балакиревым сочинений русских и современных европейских композиторов достигало в конечном результате своей цели: произведения, которые вначале отпугивали новизной и непривычностью, постепенно завоевывали признание публики, доставляя Новой русской музыкальной школе все больше сторонников. Особенно ценной стороной концертов школы было частое исполнение произведении русской музыки; это помогало создавать традиции, формирующие национальный исполнительский стиль. И, конечно, концерты Бесплатной школы весьма способствовали образованию и самих балакиревцев и русской публики.